En este libro clásico de la filosofía Zubiri formula por primera vez sus tesis básicas sobre la realidad, la inteligencia y la religación. La ciencia de la naturaleza depende de una ontología, que puede pedir o desechar, pero no puede crear. La historia no es simple hecho del pasado, sino potencia, un poder hacer, que la convierte en una cuasi-creación. Y Dios es amor efusivo en un doble sentido: natural en la Creación, y sobrenatural desde la Encarnación.
Su reflexión permite advertir que el hombre contemporáneo por las desviaciones del pragmatismo, historicismo y posmodernismo se ha quedado sin Naturaleza, sin Historia y sin Dios, por la soberbia de una inteligencia y de un corazón encadenado al relativismo, al subjetivismo y al nominalismo.
Después de este libro Zubiri se encaminará hacia una filosofía de la realidad, propia de una etapa propiamente metafísica. En ella rechazará cuatro falsas substantivaciones: espacio, tiempo, conciencia y ser. Las cosas no están en el espacio y en el tiempo, son espacializaciones y temporalizaciones. La conciencia no existe, lo que existe son actos de conciencia. Y el ser no es una realidad, sino una de las formas de la realidad. Tesis que se abordan en sus libros Sobre la esencia (1962) y en Inteligencia sentiente (1980).